战舰搭配的核心在于理解不同舰船的功能定位并构建均衡的舰队体系。一套完整的舰队通常可以划分为输出、防空、续航、载机与防御五大功能模块，合理的配置是立足星海的关键。输出模块直接决定舰队的火力强弱，需要关注武器类型对护甲的克制关系，例如能量伤害能无视护甲造成稳定伤害，而实弹伤害则需单发伤害高于目标护甲值才能有效穿透，避免刮痧。防空模块则依赖特定的防空舰船或具备防空能力的载机，分为主动与被动两种类型，在编队空间允许时建议搭配使用以形成多层次防御。续航模块主要指舰队的恢复能力，通常依赖具备维修功能的支援舰，例如卫士型支援舰因其较好的生存性与获取难度成为通用选择。载机模块以航母为核心，负责提供空中支援，而防御模块则主要由高护甲舰船承担，用于吸收伤害保护核心单位。构建舰队时，需在这几个模块间取得平衡，避免出现明显短板。
根据不同的战略意图，舰队的搭配侧重点应有明显区别。若组建用于正面接战的主力舰队，其核心要求是能抗能打，通常以前排高护甲巡洋舰作为基石，搭配中后排的高输出舰船，并根据敌方空中力量情况酌情补充防空单位。若组建专注于火力的纯输出舰队，则可以最大化攻击能力而相对忽略生存，利用游戏内首支接战舰队承受伤害的规则，让其在后排安全地进行火力投射。还有专注于高机动性的舰队，其任务是快速游走，拆除敌方前哨站或采矿平台等建筑，这类舰队需要优先考虑舰船的移动速度，并搭配攻城型武器。不同的战略目标决定了舰船类型、子型号乃至指挥值分配的根本差异，不存在一套万金油配置可以应对所有场景。
战舰的战场站位与武器攻击序列是进行针对性搭配时必须考量的微观因素。舰船在战斗中分为前、中、后排三个位置，一般而言，防御能力强的舰船应部署在前排承受伤害，而中后排则部署主力输出与辅助单位。还需结合每艘舰船具体武器的目标优先序列进行精细化调整，例如某艘输出舰如果站位靠前且自身较脆弱，就需要为其搭配同站位的高坦度舰船分担伤害。另若能洞悉敌方主力输出舰的攻击序列，就可以进行有效反制，例如通过调整己方舰队构成，减少敌方优先攻击序列中的舰船类型，或在前排部署能克制该火力的高防御舰种。这种基于站位与攻击逻辑的细节调整，是提升舰队实战效率的重要环节。
战舰搭配的最终成效高度依赖于玩家的战术意识与资源规划能力。游戏内存在指挥值上限、策略值限制以及各类星域环境（如小行星稀疏区、高能辐射区）的影响，这些宏观条件约束了舰队构成与战术执行。高级别舰船虽强但占用指挥值高、建造耗时长，过度追求单一舰种会导致舰队结构失衡，在指挥值限制内均衡配置各类功能的舰船是基本准则。理解地形效应并加以利用，例如驱使大船进入高能区规避小船骚扰，或利用复杂地形进行游击，都是战术层面的一部分。战舰搭配并非单纯的数值堆砌，而是需要根据战场环境、敌方构成以及自身战略目标进行动态调整的决策过程，其精髓在于扬长避短，充分发挥己方舰船组合的特性。
